网站建设合同不是天然归入某一个税目的。如果条款主要涉及页面设计、前端搭建以及常规功能部署，属于承揽或者一般技术服务的话，是否应税要根据具体的服务内容来确定；如果涉及到定制化的系统研发、底层逻辑开发等，则可以参照“技术合同”的税目，按照价款的万分之三贴花，列明增值税款不计入计税依据。
管理上不是指向某一个“专门的主管部门”。合同订立和格式条款的合法性由市场监督管理部门依据《合同行政监督管理办法》进行规范；网站上线之后互联网信息服务、备案主体以及内容安全，则由网信、电信主管部门和公安机关按照各自职责分别进行监管。
在实际操作中，可以把“开发服务内容”和“知识产权归属”分开来写，防止因为混合计价而产生税目上的歧义，并且要保存好需求文档以及验收记录以备查验。
总结：
建站合同印花税根据实际服务内容来确定税目，而监管则按照合同合规、网信安全、税务申报来划分不同部门，重实质轻名称。