网站建设合同不是天然免征印花税的。按照《印花税法》的规定，如果实质上是定制开发、设计搭建的话，可以归为“承揽合同”或者“技术合同”，税率都是价款的万分之三；纯运维、模板套用则需要根据条款来确定税目。合同应该把价格与税金分开列出，电子签约也会产生纳税义务。
建站合作常见的三种计价方式：固定总价适用于需求明确、边界确定的展示型官网，预算控制严格；人天结算适用于多期迭代的项目，按工时计费，需要较强的过程管理；成本加酬金只用于探索性的定制项目，灵活性大但是容易超支。交付时一般采用里程碑式分期，设计、开发、上线、维保各阶段分别验收。
签约的时候不要笼统地写“技术研发”，而应该用“网站设计开发服务合同”来代替，保留需求清单和验收单，减少税务纠纷。
总结：印花税看合同实质而非名称；选对计价模式与税目归类，兼顾合规与成本控制。